Com efeito, trechos de florestas, cerrados, campinas permeiam-se pela planície afora. Elementos dos cerrados do Brasil Central e da Floresta Amazônica entremeiam-se a várzeas alagadas ou pantanosas, recobertas por espécies típicas destes ambientes, ao mesmo tempo que, em afloramentos calcáreos e terrenos mais elevados, desenvolve-se uma flora xerófita, denotando uma fisionomia bastante semelhante à caatinga. Assim, o Pantanal não é um grande pântano, mas uma mistura heterogênea de diversas composições vegetais que, em função de parâmetros, tais como: condições de solo, inundações e topografia, ali aparecem em equilíbrio dinâmico.
Nos terrenos permanentemente alagados, nos lagos, nas "baías" e nos "corixos" encontramos espécies flutuantes como os aguapés Eichornia spp com os diversos matizes de branco, azul e roxo de suas flores e a erva-de-santa-luzia Pistia stratiotes, e espécies de águas rasas, que se enraízam no fundo como as Salvinia spp., as Nymphaea spp., além da vitória-régia regional Victoria cruziana.
A vegetação, ora típica de campo cerrado, pode ceder lugar quase sem transição, a um campo de pastagem natural, formado por um tapete de gramíneas no qual ocorrem apenas raras plantas lenhosas. Estas gramíneas nativas, são principalmente os capins-mimosos Paratheria, Setaria, Reimaria. Geralmente estas campinas, como também são chamados estes campos limpos, se encontram em partes mais baixas e mais úmidas, que podem ser alagados, enquanto que os campos cerrados limitando-se aos pontos mais elevados e mais secos, persistem emersos, formando como que ilhotas de vegetação.
Estes campos são entremeados de espinheiros, áreas de matas densas e grupos de palmeiras. Destas últimas sobressaem os carandazais, formados pela elegante palmeira de uns 10 metros de altura com folhas flabeliformes (em forma de leque): o carandá Copernicia austrails. Outra palmeira freqüente é o buriti Mauritia vinifera também com folhas flabeliformes. Nas áreas de mata densa, chamadas "caapões", encontramos a aroeira Astronium sp., figueiras Ficus sp., com seus esculturais troncos tortuosos, o angico-vermelho Piptadenia sp., e entre tantas outras plantas a piúva Tabebuia heptaphylla, denominação que é dada, localmente, a um ipê-roxo, que durante os meses de julho e agosto tinge a paisagem pantaneira com os mais variados matizes de rosa, lilás e roxo de suas flores. Entre elas, com flores amarelas, o cambará Voschysia sessilifolia.
Em outro tipo de mata, em que as árvores não têm troncos muito grossos, mas suas cascas são espessas e rugosas e seus galhos retorcidos, predomina uma espécie de ipê-amarelo Tabebuia aurea, conhecida no Pantanal como paratudo. Estas matas são chamadas paratudais.
Acompanhando, em ambas as margens, os numerosos cursos de água da região estão as florestas em galeria, também chamadas de matas ciliares. Nestas matas encontramos o jenipapo Genipa americana, figueiras Ficus spp., ingazeiros Inga spp., as embaúbas Cecropia, com suas folhas prateadas e que com freqüência vive em associação com formigueiros e o tucum Bactris glaucescens pequena palmeira, cujo fruto é muito usado como isca de pacu. São freqüentes a palmeira acuri Attalea phalerata, cujos frutos são apreciados pelas araras azuis e o pau-de-novato Triplaris formicosa, que no mês de outubro, enfeita as barrancas dos rios, com grandes cachos de flores rosas ou vermelhas. Essa árvore é assim chamada porque o novato na região, ignorando sua associação com formigas, tenta derrubá-la com o machado ou a escolhe para armar sua rede; os movimentos da planta provocam a queda de centenas de minúsculas formigas, cujas picadas queimam como fogo, conforme já tivemos a infelicidade de constatar.
Nos pontos mais elevados, onde há afloramentos de rocha calcária, as espécies de cerrado são substituídas por outras, que, em seu conjunto e pelo seu aspecto lembram as caatingas nordestinas. Bromeliáceas Dyckia sp. e Cactáceas (especialmente mandacarus, do gênero Cereus), em colunas maiores ou menores, são as principais responsáveis por esse aspecto de caatinga.
Assim, no Pantanal, temos um número muito grande de nichos ecológicos de condições diversas, nos quais proliferam variados tipos de vegetação, cada um, por sua vez, condicionando uma fauna especial.
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